Maskapai Lion Air sangat memprioritaskan keselamatan dan keamanan penumpang, oleh karena itu penerbangan JT-789 harus menunggu hingga kondisi cuaca di Manokwari memungkinkan pendaratan dan lepas landas pesawat secara aman.
Lion Air, dengan kode penerbangan JT, menyampaikan permohonan maaf kepada semua penumpang yang merasa tidak nyaman akibat penundaan ini. Selain faktor cuaca, pesawat juga menjalani pemeriksaan menyeluruh sebelum keberangkatan, dan ditemukan bahwa ada komponen pesawat yang memerlukan perbaikan yang memakan waktu tambahan. Ini dilakukan untuk memastikan keselamatan dan keamanan penerbangan.
Maskapai ini juga memutuskan untuk mengganti pesawat yang akan dioperasikan, yang datang dari bandara lain, guna memastikan kenyamanan penumpang. Akhirnya, penerbangan JT-789 dari Jayapura ke Manokwari berangkat pada hari yang sama dengan pesawat yang datang dengan waktu tercepat dari Makassar.
