Baca juga : Mahfud MD Menghadap Presiden Bahas Korupsi BTS
Meskipun Ponpes Al Zaytun dapat tetap beroperasi, Mahfud menekankan bahwa lembaga ini akan dibina di bawah pengawasan Kementerian Agama (Kemenag).
Dengan adanya pembinaan tersebut, Mahfud berharap Al Zaytun dapat menjadi lembaga pendidikan yang beroperasi sesuai dengan visi dan misi yang telah ditetapkan.
Mahfud menyatakan bahwa saat ini pemerintah berpendapat untuk menyelamatkan Al Zaytun sebagai lembaga pendidikan dan membina agar sesuai dengan visi dan misi yang tercantum.
Mahfud menegaskan bahwa di masa depan, tidak boleh ada kegiatan yang melanggar peraturan perundang-undangan di Ponpes tersebut.
Al Zaytun, yang berlokasi di Indramayu, Jawa Barat, telah menarik perhatian publik karena beberapa hal yang dianggap kontroversial, seperti pemisahan laki-laki dan perempuan saat shalat serta penggunaan ucapan salam yang mirip dengan bahasa Ibrani.