Namun, kehadiran Portugis di Indonesia juga tidak lepas dari konflik dan pertempuran dengan kerajaan-kerajaan di Nusantara, seperti dengan Kesultanan Aceh, Kesultanan Ternate, dan Kesultanan Banten. Portugis juga dikenal karena tindakan kolonialisasinya, seperti memaksakan pengaruh agama Katolik dan merampas kekayaan alam Indonesia.
Meski begitu, kehadiran Portugis di Indonesia juga memberikan dampak positif, terutama dalam hal pengenalan budaya dan teknologi Eropa, seperti pengenalan sistem pemerintahan dan pembangunan benteng-benteng pertahanan.
Selain itu, Portugis juga berperan dalam memperkenalkan bahasa-bahasa Barat, seperti bahasa Portugis, ke wilayah-wilayah di Indonesia.
Baca juga : Kembali Muncul Penjualan Pulau di Indonesia, Kepulauan Mentawai