Baca juga : Presiden Jokowi Buat Pusing PM Malaysia Anwar Ibrahim
Namun, kontroversi Rasa Sayange tidak berhenti di situ. Lagu ini kembali menjadi perbincangan saat diputar dalam pembukaan Sea Games 2017 di Malaysia. Pada 2019, eks Perdana Menteri Malaysia, Mahathir Mohamad, membuat kejutan dengan menyanyikan lagu Rasa Sayange sambil bergandengan tangan dengan seorang remaja di Jepang.
Perdana Menteri Anwar Ibrahim menggulirkan protes terbaru terhadap klaim Malaysia atas lagu ini. Ia menyatakan bahwa klaim tersebut adalah bukti ketidakpahaman para pihak terkait sejarah. Anwar mempertegas pernyataannya setelah klaim klaim tentang Rasa Sayange muncul lagi di Malaysia.
Kontroversi ini dimulai pada tahun 2007 ketika Menteri Pariwisata Malaysia, Adnan Tengku Mansor, mengklaim bahwa Rasa Sayange adalah lagu kepulauan Nusantara. Ini memicu kemarahan warga Indonesia yang merasa bahwa lagu ini adalah asli Maluku.