Ia juga dituduh menghadiri acara baiat kepada ISIS dan Abu Bakar Al Baghdadi di UIN Syarif Hidayatullah Ciputat, Tangerang Selatan, Banten.
Kemudian, Munarman dihukum tiga tahun penjara oleh hakim Pengadilan Negeri Jakarta Timur pada 6 April 2022. Hakim tersebut menganggap Munarman memiliki hubungan dengan organisasi teroris dan dengan sengaja menyebarkan pernyataan yang mendorong orang lain melakukan tindakan terorisme.
Munarman dinyatakan melanggar Pasal 13 huruf c Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2018 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Terorisme. Pasal ini mengatur tindak pidana menyembunyikan informasi terkait terorisme.
Perlu diingat bahwa jaksa awalnya menuntut Munarman dengan hukuman delapan tahun penjara, tetapi putusan hakim adalah tiga tahun.
