Setelah perang berakhir, Oppenheimer menjadi aktif dalam memperjuangkan pengendalian senjata nuklir dan non-proliferasi nuklir.
Baca juga : Penyebab G8 Menjadi Kelompok Berpengaruh di Dunia
Pada akhir 1940-an, ia menjadi sasaran penyelidikan oleh Badan Energi Atom Amerika Serikat atas dugaan keterlibatannya dengan organisasi-organisasi kiri sebelum perang.
Pada tahun 1954, dalam sebuah sidang keamanan, keamanan klarifikasi ditarik, dan izin keamanan Oppenheimer dicabut setelah ia dituduh memiliki hubungan dengan anggota Partai Komunis di masa lalu.
Meskipun kontroversi ini menghantui karirnya, Oppenheimer tetap aktif dalam bidang ilmu pengetahuan dan pengajaran, mengajar di Universitas Princeton setelah perang.
Ia meninggal pada tahun 1967 karena kanker nasofaring, meninggalkan warisan besar sebagai salah satu fisikawan paling berpengaruh dan kontroversial dalam sejarah.
