Faktor lain yang menjadi tantangan adalah produksi susu yang menurun akibat adanya wabah Penyakit Mulut dan Kaki (PMK) yang berdampak pada kematian sapi dan produksi susu menurun hingga 40%.
Selain itu, sanitasi yang buruk pada kandang sapi akibat kotoran yang tidak dikelola menimbulkan dampak pencemaran air dan tanah, serta gas rumah kaca. Berbagai keterbatasan yang dihadapi peternak tersebut berpengaruh pada rendahnya kualitas susu yang dihasilkan.
Dalam konteks Indonesia, peternak sapi perah sangat bergantung pada koperasi lokal dalam hal pendanaan, pengelolaan bisnis, dan berbagi pengetahuan. Meskipun demikian, koperasi lokal juga menghadapi tantangan serupa yaitu terbatasnya kapasitas pengelolaan peternakan dan kesehatan, model bisnis, pengelolaan keuangan dan organisasi. Karena ketergantungan ini, intervensi perlu dilakukan pada kedua pihak.
