Pelabuhan ini telah lama menjadi pusat perdagangan antar pulau di Nusantara. Namun, pada tahun 1610, perusahaan dagang Belanda VOC (Verenigde Oostindische Compagnie) di bawah pimpinan Jan Pieterszoon Coen menyerang pelabuhan Sunda Kelapa dan Jayakarta.
Mereka kemudian membangun kota baru di atas reruntuhan Jayakarta, dan pada tahun 1650, kota tersebut selesai dibangun.
Baca juga : Serba Serbi Met Gala 2023
Kota yang baru ini diberi nama Batavia oleh VOC, sebagai penghormatan kepada leluhur bangsa Belanda, Batavieren. Sejak saat itu, Batavia menjadi pusat kegiatan perdagangan, militer, dan politik Belanda di Nusantara, yang kemudian dilanjutkan oleh Pemerintahan Hindia Belanda.
Nama Batavia tetap melekat pada kota ini dari tahun 1621 hingga 1942, saat Belanda ditaklukkan oleh Jepang. Pada saat itu, Jepang mengganti nama Batavia menjadi Jakarta, sebuah nama yang masih digunakan hingga hari ini.