Sebelum menduduki jabatannya yang sekarang, Rafael Alun Trisambodo pernah menjadi Kepala Bidang Pemeriksaan Panyidikan dan Penagihan Pajak Kanwil Jawa Tengah I pada 2013.
Setelah itu pada 2015 ia hijrah ke Kabupaten Situbondo untuk menjadi Kepala Kantor Pelayanan Pajak Pratama (KPP). Dua tahun berselang, Rafael Alun Trisambodo mendapatkan promosi untuk menduduki posisi Kepala Bidang Pemeriksaan Penyidikan dan Penagihan Kanwil DJP Jawa Timur I.
Sebelum akhrinya menduduki jabatannya yang sekarang, Rafael Alun Trisambodo juga pernah menjadi Kepala Kantor Pelayanan Pajak Modal Asing II.
Sebagai seorang pejabat dengan posisi tinggi, Rafael Alun Trisambodo tentu melaporkan harta kekayaannya kepada negara setiap tahunnya. Melalui laman LHKPN per 31 Desember 2021, Rafael Alun Trisambodo diketahui memiliki harta kekayaan sebesar Rp 56,10 miliar.